Program ini mulai ditayangkan di RCTI sejak 12 Februari 1994 setiap hari pada pukul 05.30 hingga 06.00 WIB. Pada tahun 2000 hingga tahun 2004 terjadi perubahan jam tayang ke pukul 05.00 hingga 05.30 WIB untuk bersaing dengan Di Ambang Fajar SCTV. Ketika jam tayang program agama Islam di beberapa stasiun televisi swasta di Indonesia bergeser ke pukul 04.30 hingga 05.00 WIB, jam tayang Hikmah Fajar juga ikut bergeser ke pukul 04.30 WIB mulai tanggal 6 Juni 2005. Dengan pergeseran jam tayang tersebut, pada bulan Juli 2005, siaran ini sempat dihentikan karena saat itu pemerintah mengeluarkan kebijakan untuk mengakhiri seluruh siaran televisi pada pukul 01.00 WIB dan boleh mengudara kembali pada pukul 04.30 WIB.[1] Namun penghentian siaran ini hanya berlaku selama tiga minggu sejak tanggal 11 Juli hingga 31 Juli 2005. Mulai tanggal 1 Agustus 2005, siaran Hikmah Fajar kembali mengudara hingga masa tayangnya berakhir pada akhir tahun 2008.